Ответ:

часы-будильник испортились

так как слово «испортились» больше относится к «часы» чем к «будильник», ведь то что часы «будильник» это уточнение и более подробное описание часов.

так что, «часы-будильник испортились»

Ответ:

испортились. потому что часы множественное число