Ответ:
1[Низькі чорні хмари, здавалося, стояли нерухомо], але 2[по тому, 3(як вони час від часу засмолювали негусті дрібці зорі) і 4(як ті зорі знову ненадовго з’являлися), Климко здогадувався], 5(що хмари біжать).
1[ ], але 2[по тому, 3(як ) і 4(як ), ], 5(що ).